纯正的水稻种顾名思义是种子纯正，极少含有其他杂株或杂质，而普通水稻种子指正常的生产用种，较纯正的水稻种子杂株比例要高些。我国将种子分为原原种、原种和生产用种，原原种纯度最高，种性最纯，用原原种生产繁殖出来的就是原种，原种繁殖生产出来的就是大田用种，我国商品种子对纯度、杂质、发芽率都有一定的要求，一般来说，杂交水稻种子纯度不得低于98％。