南京铁道职业技术学院有两个校区，院系情况如下：学院本部（南京校区）设有运输管理学院、通信信号学院、动力工程学院、经贸学院、软件学院、国际合作学院、地铁学院 7个学院；苏州校区设有城市轨道交通系、自动控制工程系、建筑设备工程系、机械工程系、工商管理系、电子信息工程系 6个系。

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南京铁道职业技术学院主要专业是智能控制技术。铁道交通运营管理。铁道车辆技术。铁道工程技术。铁道工程技术。现代通信技术等专业。该校主要专业都是以铁道运营和管理来开展教学的。